Munculnya kaum waria di Indonesia menimbulkan penolakan tersendiri dari masyarakat. Lingkungan dari peran gender terbentuk oleh kenyataan bahwa di Indonesia pada masa sekarang laki-laki dan perempuan cenderung dipisahkan secara kuat, meskipun kenyataannya secara historis banyak kebudayaan dari kepulauan ini telah mengecilkan perbedaan gender dan memahami bahwa laki-laki dan perempuan sebagai pelengkap satu sama lain daripada mempertentangkannya (Errington dan Hoskin dalam Boellstorff, 2003). Saat masyarakat kita hanya mengakui bipolaritas kelamin, munculnya kelamin ketiga merupakan suatu kesan tersendiri yang seakan mendobrak struktur semestinya.
Fatwa Majelis Ulama Indonesia (MUI) tertanggal 1 November 1997 menegaskan bahwa waria adalah laki-laki dan tidak dapat dipandang sebagai kelompok (jenis kelamin) tersendiri. Oleh karena itu, segala perilaku waria yang menyimpang adalah haram